какой налог заплачу с продажи на большую сумму, чем купил

ЗДравствуйте.

Судя по описанию, Вы купили квартиру в строящемся доме. Уточните, пожалуйста.
Документ на квартиру имеется в виду — акт приема передачи? Его Вы получили в 2013 году, а свидетельство — в 2015 году.
Если это так, то срок владения имуществом начинается от даты постановки его на учет в ЕГРП, то есть от получения свидетельства о собственности.

На момент продажи, сейчас в 2015 году, будет считаться что срок владения менее 3 лет, поэтому Вам необходимо будет подать в налоговую по месту прописки декларацию, указать полученный доход и применить имущественные вычеты.
Срок подачи декларации — 30 апреля 2016 года.

При исчислении налога Вы можете воспользоваться имущественными вычетами по продаже на сумму фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, затраченных на приобретение данного имущества (по пп. 2, п. 2, ст.220 НК РФ).При этом необходимо предоставлять документы, подтверждающие расходы (договор, платежные документы).(Полученный доход — Подтвержденный расход = Налогооблагаемая база).    

Расчет:
7 000 000 (полученный доход) — 5 500 000 (подтвержденный расход) = 1 500 000 рублей.

Также Вы имеете право на имущественный вычет по покупке.
Если по первой квартире  Вами был получен акт приема передачи в 2013 году (а квартира приобреталась по договору инвестирования — ДДУ, или переуступке), то Вы могли с 2013 года получать уплаченный НДФЛ (13% НДФЛ, который работодатель вычитывает из заработной платы).
Максимальный размер вычета — 2 000 000 рублей.

Например, как это может выглядеть:
в 2013 году получили акт, доход в 2013 году составил — 250 000 рублей, в 2014 — 250 000 рублей, в 2015 продали квартиру за 7 000 0000 рублей.

Декларация за 2013 год — подаем на имущественный вычет:
2 000 000 — 250 000 = 1 750 000 рублей — переходящий остаток.
Получаете возврат на счет 13% от 250 000 рублей — 32 500 рублей

Декларация за 2014 год — подаем на имущественный вычет:
1 750 000 — 250 000 = 1 500 000 рублей — переходящий остаток.
Получаете возврат на счет 13% от 250 000 рублей — 32 500 рублей

Декларация за 2015 год — подаем на имущественный вычет, декларируем доход от продажи:
7 000 000 — 5 500 000 — 1 500 000 = 0 рублей.
Налог: 0 рублей.

Весь имущественный вычет по покупке использован полностью.

Продажа имущества, не мешает продолжать по нему получать имущественный вычет по покупке.

Если по каким то причинам за первую квартиры Вы не хотите заявлять имущественный вычет, то можете это сделать по квартире, которую приобретаете сейчас за 4 000 000 рублей.
Для того, чтобы заявить имущественный вычет по покупке по ней, нужно в этот же год (2015) получить правоустанавливающий документ (акт или свидетельство о собственности).

Расчет будет такой:
7 000 000 — 5 500 000 — 2 000 000 (максимальный размер вычета за покупку) = — 500 000 рублей.
Минус означает, что при указании в декларации доходов, полученных в 2015 году, облагаемых по ставке 13% (заработная плата), Вы можете возместить из бюджета до 13% от 500 000 рублей.
Налога в этом случае за продажу не будет, он взаимоскомпенсируется вычетами.