C какой суммы я должна заплатить налог?

Здравствуйте.

При продажи квартиры, находившейся в Вашей собственности менее 3 лет, Вы можете уменьшить сумму к исчислению налога:
на 1 000 000 рублей — это единственно возможный способ в случае продажи квартиры, полученной в наследство, полученной в дар или наследство.
на сумму затраченную на ее приобретение — вариант возможен, если Вы продаете квартиру, которую сами купили.

При покупке квартиры Вы имеете право на имущественный вычет в размере не более 2 000 000 рублей. Вы купили квартиру за 5 000 000 рублей, можете получить имущественный вычет в сумме 2 000 000 рублей. Чтобы в декларации доходы и расходы взаимоскомпенсировались Вам нужно чтобы  правоустанавливающий документ на приобретенную квартиру, был датирован 2015 годом.

Например, квартира была получена в наследство, Вы продали ее за 6 000 000 рублей, купили другую в 2015 году и в 2015 году был получен правоустанавливающий документ:
6 000 000 — 1 000 000 — 2 000 000 = 3 000 000 рублей — налогооблагаемая база.
Налог к уплате: 3 000 000 x 13% = 390 000 рублей.

Например, квартира была куплена Вами за 4 000 000 рублей, Вы продали ее за 6 000 000 рублей, купили другую в 2015 году и в 2015 году был получен правоустанавливающий документ:
6 000 000 — 4 000 000 — 2 000 000 = 0 рублей — налогооблагаемая база.
Налога к уплате не возникает.

Если правоустанавливающий документ на купленную квартиру в 2015 году не будет получен (такое может быть при приобретении квартиры в строящемся доме), то заявлять имущественный вычет Вы не сможете. 
Вы обязаны до 30 апреля 2016 года подать декларацию и подтверждающие документы в налоговую по месту прописки, и при наличии налога уплатить его до 15 июля 2016 года.

Если налога к уплате нет, подать декларацию Вы все равно обязаны.