Вычет по двум договорам о купле-продаже

Здравствуйте.

У налогоплательщика, который отчитывается о полученном доходе при продаже имущества, находившегося в собственности менее 3 лет, есть возможность применить имущественный вычет либо в размере понесенных и фактически документированных расходов, либо воспользоваться имущественным вычетом в размере 1 000 000 рублей.

Если оба объекта, и дом и участок Вы приобретали и у Вас есть документы, которыми можно подтвердить расходы, то конечно имущественный вычет по продаже можно применить к каждому объекту.
Если документов подтверждающих расходы нет или Вы продаете подаренное, наследованное имущество, то имущественный вычет в размере 1 000 000 рублей будет представлен суммарно на оба объекта. Данный вычет в размере 1 000 000 рублей предоставляется каждому налогоплательщику в налоговый период. 
В каких размерах Вы будете пользоваться этим вычетом на каждый из объектов — определяете Вы.
На каждый объект применить по 1 000 000 рублей нельзя.
Это возможно только в одном случае, если объекты проданы в разные налоговые периоды.
С домом и земельным участком под ним, такое конечно сложно представить, то может быть например, дом продан 31 декабря, а земля 1 января. Это два разных периода. Это конечно довольно условная ситуация, но довольно понятна для объяснения.

Если земля принадлежит одному собственнику, а дом другому, или дом и земля принадлежат в долевой собственности, то каждый собственник может выступить продавцом своей доли по отдельному договору, тогда опять же будет возможность применить каждому собственнику вычет в размере 1 000 000 рублей.