вопросы по налогам

Добрый вечер ! У меня такая ситуация. Одному из сотрудников разрешили заимствовать на организации в 2013 году. Бухгалтер просил предъявить договор о долевом участии работника. Тем самым стали облагаться НДФЛ материальные выплаты от ставки 13%. В 2014 году были направлены 3НДФЛ для получения материальных выплат, за лечение (стоило дорого). В справке 2НДФЛ, которая была в налоговой, и указанная там сумма начисления была удержана по ставке тринадцати процентов. Но из налоговой службы был ответ и сообщили, что справку необходимо изменить, доплатить налоги. У Нас вопросы. Должны ли в бухгалтерии исправить документ? Если там признают ошибку, будут ли оплачивать налоги? Какое время это все займет?
Могу ли я запросить точное заявление, вернут ли мне налоги за 2013 год (если все документы необходимые предоставить). На какие сроки? Какой перечень необходимых документов? Возвращение за 2014 год, будет ли выплачен в 2015 году? Прошу разъясните по этим вопросам. Заранее благодарю.